Biološki pokazatelji kakvoće koji uključuju praćenje brojnosti i sastava fitoplanktona, biomasu fitoplanktona (koncentracija klorofila a), stanje livada morskih cvjetnica, brojnost i raznovrsnost  makroalgi, faune bentičkih beskralježnjaka i riba, te unos alohtonih (stranih) vrsta,  elementi  su  kakvoće temeljem kojih se određuje ekološko stanje morskog ekosustava. Praćenje biološke kakvoće mora, odnosno procjena ekološkog statusa morskog ekosustava u hrvatskom dijelu Jadrana provodi se u prijelaznim, priobalnim i otvorenim vodama, međutim ono ipak nije sustavno zbog nepostojanja kontinuiranog monitoring programa. 

Rezultati dobiveni analizom brojnosti i sastava fitoplanktonske zajednice u razdoblju od 2000. do 2012. godine pokazuju znatno bolju ekološku situaciju na čitavom obalnom području istočnog Jadrana u odnosu na stanje krajem devedesetih godina prošlog stoljeća. Na to posebno ukazuje visoka raznovrsnost fitoplanktonske zajednice, te potpuni izostanak ljetnih monospecifičnih, red tide i sluzavih cvatnji u posljednjih šest godina na čitavom području istočne obale Jadrana. Naime, krajem prošlog stoljeća  ove su cvatnje bile prisutne u čitavom Jadranu, posebice u njegovom sjevernom dijelu, dok su se u razdoblju od 2000. do 2007.  javljale znatno rjeđe i s mnogo  manjim intenzitetom, da bi nakon 2007. godine u potpunosti iščezle.  Jedino područje u kojem su takve cvatnje još uvijek povremeno prisutne je područje zapadnog dijela sjevernog Jadrana i uski pojas obalnih voda uz zapadnu obalu Jadrana (Slika 3a). 

Slika 3a. Raspodjela fitoplanktonske biomase (conc. Chl a) tijekom proljetne cvatnje

Na čitavom istraživanom području u ovom je razdoblju zabilježen pad abundancije (brojnosti) fitoplanktonskih stanica,  kao i izrazito visok odnos brojnosti dijatomeja i dinoflagelata (D/DF). Naime, visoka brojnost fitoplanktona najčešće se javlja kao rezultat povećane koncentracije hranjivih soli, te može upućivati na unos hranjivih soli putem otpadnih voda. Promjena u odnosu dijatomeja i dinoflagelata može biti dobar pokazatelj na veću ili manju mogućnost pojave štetnih fitoplanktonskih cvatnji (HAB cvatnji), budući da su uzročnici takvih cvatnji najvećim dijelom iz grupe dinoflagelata (>70%).  

Biomasa fitoplanktona (klorofil a)  je u razdoblju 2009.-2012. razmjerno niska u odnosu na razdoblje od 2000.-2008., a posebno je niska u odnosu na razdoblje prije 2000. godine (slika 3b i 3c). Za razliku od tog razdoblja, danas se najviše vrijednosti biomase i najveća brojnost fitoplanktona javljaju tijekom zimskog razdoblja, u vrijeme nižih temperatura mora i dobre horizontalne i vertikalne cirkulacije,  što onemogućuje razvoj štetnih cvatnji. Poboljšanje stanja posebno se uočava u Sjevernom Jadranu, te šibenskom i Kaštelanskom zaljevu, u kojima su ranije tijekom ljeta „red tide“ cvatnje bile redovita pojava, a ponekad su bile praćene snažno izraženom hipoksijom(nedostatak kisika)  i mortalitetom pridnenih organizama.

U otvorenim vodama Jadrana, ali također i u  priobalnim vodama na istočnoj je  obali uključujući i zapadnu obalu Istre,  tijekom posljednjih pet godina je dobro izražen ljetni fitoplanktonski minimum, što potvrđuje da se nastavlja pozitivan trend ponovnog uspostavljanja prirodnih sezonskih kolebanja, koja su od sedamdesetih godina prošlog stoljeća bila značajno poremećena. 

Slika 3b. Srednja  koncentracija klorofila a u sloju od 0 do 10m za razdoblje 2000.-2012.

Slika 3c. Srednja  koncentracija klorofila a u sloju od 0 do 10m po tipu voda za razdoblje 2000.-2012.

Praćenje biološke kakvoće priobalnih voda obzirom na makrofite i makroalge provodilo se  tek od  2007. godine nadalje. Procjena ekološkog stanja temeljila se na biotičkom indeksu, tzv. Ecological Evaluation Indeks (EEI), koji se zasniva na funkcionalnim razlikama bentoskih makrofita (makroalgi i morskih cvjetnica) i njihovoj životnoj strategiji, a izražava se kao brojčana vrijednost od 2 do 10 koja vode svrstava u pet razreda ekološkog stanja. Izmjerene vrijednosti EEI na mjernim postajama za ovaj pokazatelj u razdoblju od 2007. do 2011. godine do kada se za procjenu koristila ova metoda, ukazivale su na zadovoljavajuće ekološko stanje.  Usklađivanjem s odredbama EU Okvirne direktive o vodama (Water Framework Directive), od 2012. godine započeo je nadzorni monitoring ekološkog stanja priobalnih voda uz upotrebu metode CARLIT (kartiranje obalnih zajednica stjenovitog dna). Međutim, indeks je još  u fazi testiranja i navedeni rezultati se ne mogu upotrijebiti u svrhu odlučivanja o ukupnom stanju morskog okoliša dok se u hrvatskim priobalnim vodama ne započne s kontinuiranim monitoring programom koji će u  potpunosti biti usklađen sa zahtjevima Okvirne direktive EU o vodama i Okvirne Direktive EU o morskoj strategiji, odnosno s važećim nacionalnim propisom.

Pokazatelj kakvoće mora priobalnih voda s obzirom na riblje zajednice prati se od 2007. godine nadalje. Općenito gledajući, ekološko stanje za cijelo područje priobalnih voda Jadrana, odnosno njegovog sjevernog, srednjeg i južnog dijela te područja vanjskih otoka je više nego zadovoljavajuće. Iako je općenito ekološko stanje ocijenjeno od umjereno dobrog do odličnog (EFI = 2-5) treba istaknuti da  je umjereno dobro ekološko stanje s ocjenom EFI = 2 utvrđeno samo 2 postaje u srednjem Jadranu u 2012. godini. Umjereno dobro ekološko stanje nije utvrđeno u južnom Jadranu i vanjskom otočnom području  srednjeg Jadrana niti u jednoj godini praćenja stanja. Također, može se uočiti kako je najvećem broju postaja u cijelom razdoblju promatranja pokazatelja i na čitavom  istraživanom području vrlo dobro ekološko stanje. Broj postaja s najvišom ocjenom (EFI = 5) znatno raste na cijelom području, a posebice na otvorenom srednjem  i južnom  Jadranu. 

Rezultati praćenja unosa novih vrsta u Jadran pokazuju trend pogoršanja budući da se pojava novih vrsta bilježi u sve kraćim vremenskim razmacima. Osim toga, trend pogoršanja stanja karakteriziran je i činjenicom da novo unesene vrste u Jadran, sve češće uspijevaju uspostaviti i novu populaciju, odnosno uspijevaju uspostaviti i reproduktivni ciklus. Neke od tih vrsta mogu postati i invazivne, posebice one vrste koje u novoj sredini nemaju predatora. Nove se vrste u Jadranu  najčešće javljaju među bentoskim organizmima (bentos i zoobentos), ali su česti nalazi i  među ribama. Povećana učestalost javljanja stranih vrsta u Jadranu dijelom se može povezati s tzv. „tropikalizacijom“ Jadrana vezanom uz klimatske promjene, a to se posebno odnosi na toploljubne ribe koje iz toplijih mora dolaze u Jadran, ali je sasvim sigurno da je unos novih vrsta većim dijelom vezan uz različite čovjekove aktivnosti. Naime, najveći dio stranih organizama u Jadran se unosi putem balastnih voda, brodskim obraštajem i preko marikulture. Stoga je i porast učestalosti pojavljivanja novih vrsta u Jadranu, uslijedio kao neminovna posljedica porasta navedenih aktivnosti. 

Prosječna koncentracija anorganskog dušika u čitavom priobalju iznosila u razdoblju 2009. - 2012. godine 2,618 ± 4,062 mmol m^-3, što je nešto više u odnosu na prethodno četverogodišnje razdoblje pa možemo reći da je zabilježen trend povišenja koncentracija anorganskog dušika. Tome je najviše doprinio osjetan porast koncentracija u području srednjeg Jadrana, dok je stanje na ostalim postajama ostalo nepromijenjeno. Osim visoke koncentracije anorganskog dušika u estuariju rijeke Krke relativno visoke koncentracije su povremeno izmjerene i u područjima pod utjecajem dotoka slatkih voda (ušće Neretve, Kaštelanski zaljev, ušće Jadra i Bakarski zaljev). Povišenje koncentracija anorganskog dušika u ovim područjima ne smatramo negativnom pojavom već prirodnim procesom obogaćenja priobalnih voda anorganskim dušikom.

Prosječna koncentracija ortofosfata za čitavo priobalje iznosila je tijekom razdoblja od 2009. do 2012. godine 0,045 ± 0,040 mmol m^-3, što je vrlo slično prosječnoj koncentraciji ortofosfata za razdoblje 2005. do 2008. i nije zabilježen trend kod ove hranjive soli. U ovom razdoblju su najviše vrijednosti su izmjerene u šibenskoj luci i Bakarskom zaljevu dok su u prethodnom razdoblju bile ispred Vranjica. U ovom razdoblju na većini postaja nije zabilježen izraženi trend, izuzev na postajama ispred luke Ploče i Primoštena te u šibenskom zaljevu gdje je zabilježen porast prosječne koncentracije ortofosfata u odnosu na razdoblje 2005. do 2008., te u području Vranjica gdje je zabilježeno njegovo smanjenje. Iako ove promjene koncentracija na ovim postajama nisu velike ukazuju na određene promjene antropogenog pritiska na njima.

Slika 4a. Srednja  koncentracija ukupnog anorganskog dušika u sloju od 0 do 10m za razdoblje 2000.-2012.

Slika 4b. Srednja  koncentracija ortofosfata za razdoblje 2000.-2012.